多年前，从义父李克用口中得知，至圣乾坤功和五雷天心诀能够相辅相成，若二者同修，这两大神功就能融会贯通，互助互补，继而功力大增，修为境界得到极大的提升，就算功力突破大天位也非难事。为了得到五雷天心决而步下种种预谋，派出通文馆所有门徒盯紧玄武山，打算伺机夺取五雷天心诀秘籍，却一直未能找到下手的机会。
朱温称帝后，得知他张天师为当世绝顶高手，想将其收为己用。但张天师深知朱温荒淫无道，残暴不仁，便拒绝了朱温。朱温一怒之下，便派出玄冥教所有高手攻打玄武山，打算剿灭天师府。乘张天师与玄冥教高手苦战之时，他乘机混进了天师府，抢走了张天师的儿子——张子凡。为了救回儿子，张天师拼命地与他交战，本可击败他，却因玄冥教高手的围攻，而身受重伤，方寸大乱，而惨遭失败，被他一掌打下了山崖。
事后，他寻遍崖底，没有发现张天师，便将张子凡收为义子，细心调教，将他抚养长大，培养成了通文馆的头号杀手。
李星云出山后，便派出张子凡暗中接近李星云，打算伺机夺取龙泉剑。在李星云的身份曝光后，派出李存忠和李存孝去邀请李星云，却被其拒绝。后迫于不良帅的压力，投靠了李星云，暗中欲让养子张子凡将李星云带回通文馆，挟星云以令诸侯。
在面见李星云的时候，意外地遇上了张天师，发现张天师虽侥幸活了下来，却患上了失心疯，成了疯子。因为张天师心中留有他的阴影，而一见到他就害怕，想躲开他。在认出张天师之后，便与他切磋了一番，在证实他武功未衰之后，便下定决心，一定要得到他的五雷天心诀。
旗下有十字门，分别为（仁、义、礼、智、信、忠、孝、惠、勇、忍），门主个个武功高强。本身武功卓绝，但内心虚伪。
本季中派出李存忠和李存孝随李存勖出征和负责监视并同时寻找张子凡的下落，通文馆的密室里，正在打坐的李嗣源面前出现了张天师的身影。受其影响而无法安心练功，而气愤不已。就在他苦恼之时，李存勇出现，提出杀死李存勖这颗心头刺，却认为现在时机未到，还不必下手，便派出李存勇前去支援李存忠，寻找李星云。
得知李存忠因为贪功冒进，而导致李存孝惨死后，豁然大怒，打算杀了李存忠。但考虑到眼下正是用人之际，便饶了他一命，让他去塞外把自己胞弟李嗣昭唤回来。
事后，与李存忠一起向晋王李克用请罪，期间为了保护李存忠，故意在李克用面前斥责李存忠一番。但李克用坚决要求处死李存忠，迫不得已亲手杀了李存忠。期间向李克用表明自己无颜再掌管通文馆，并将通文馆的执掌权交给了晋王李克用。最后面带愤怒的骑马离开太原，打算找到张天师，夺取五雷天心诀。
后在玄武山上，找到了张天师与其决斗，想逼其交出五雷天心诀。就在两人打得难解难分的时候，张子凡误打误撞地来到了玄武山，与其碰面。命令张子凡打伤了张天师，并将他杀死。就在这时，许幻出现制止了一切。张天师在看见许幻的那一瞬间，他脑海中的记忆再次涌现，终于记起了一切，认出了爱妻许幻。李嗣源眼见时机成熟，便立刻出手挟持了张子凡，并说出自己就是当年抱走张子凡，将张天师打下山崖的真凶，更将多年前所发生的一切都说了出来，随后以张子凡做人质，逼张天师交出五雷天心诀的秘籍。得知真相后的张天师，为了救回儿子，便将五雷天心诀演练了出来，使他和张子凡同时学会了五雷天心诀。习得此招后，本打算杀死张天师和张子凡以绝后患，却因一时大意被张玄陵推入悬崖，正当自己要出手时，被自己打伤的义弟李存勇用箭射中肩膀，从而一起掉入悬崖。虽侥幸活了下来，却被自己的义父李克用下达了杀机命令。
在逃亡中，误入一片树林当中，在那里遭到李存忍与“殇”组织的追杀，紧要关头，使出了五雷天心诀震开了众杀手，随后与李存忍展开激战，却寡不敌众，被李存忍给一脚踢伤。所幸其弟李嗣昭及时赶到，将其救走。
事后，与李嗣昭商议今后的决定，觉得手下人手不够，李嗣昭为他带来了耶律刺葛等契丹人，作为帮手。李嗣源却看不惯李嗣昭带来的耶律刺葛，认为此人桀骜不驯，无法为自己所用，并对李嗣昭声明，伺机杀了耶律刺葛。
为了提升实力，与李嗣昭一起练功，发现五雷天心诀缺失总纲，准备回太原找张子凡，却不料遭到了李存忍率领的殇组织的埋伏，与李嗣昭一起奋力抵抗，虽暗算了李存忍，却仍然寡不敌众，被其重伤。眼看就要被李存忍等人击杀时张子凡出手阻拦。张子凡宣言只有自己能杀他。张子凡与陆林轩联手攻击李嗣源并没占得上风。但他和张子凡都因五雷天心诀的反噬而受伤。就在张子凡难以抵挡他的杀招时，李存勇冲出来替他挡了一击。李存勇为子凡挡住致命一击之时向他射出三枚利箭，使他重伤，李嗣昭随即带着重伤昏迷的他逃离。
事后，幸得李嗣昭照顾而得以康复，并从契丹人口中得知了李星云要寻找玄铁的事，提前赶到漠北，拿到了玄铁。
李星云赶到后，他以玄铁做筹码，挑拨李星云和张子凡决斗，使他俩手足相残，斗了个两败俱伤。眼见计划成功，便打算杀了李星云和张子凡，却不料中了蚩梦的蛊毒而被迫撤离。
事后被李嗣昭救回，却遭到了巫王、李克用、李存忍等人围困，为保命杀死李嗣昭，后被迫自杀。实际被巫王复活，跟随巫王。
第二集：化成万毒窟士兵与巫王一同前往藏兵阁，在袁天罡和巫王的帮助下杀死李克用，代替义父掌管晋国。第21集：销声匿迹许久之后，假李星云来到通文馆要求面见李嗣源，被通文馆小兵拒绝后杀死了部分小兵，李嗣源听到动静迅速从府内赶出来轻松制服假李星云，随后和单枪匹马来到通文馆的假李星云合作，实为互相利用。准备前往天师府夺取龙泉剑。（声称自己还有个帮手。）
第22集:李嗣源寻找的帮手是孟婆，孟婆和李嗣源跟随假李星云来到天师府，和主角团一个月后约战朱雀门。
