夏侯惇是西汉太仆夏侯婴之后，夏侯渊族兄。勇猛善战，十四岁时有人羞辱其师，他便将那人杀死。曹操举兵讨伐黄巾军时，夏侯惇随曹操征讨，担任裨将。
初平元年（190年），讨董卓联军组成后，曹操行使奋武将军，更以夏侯惇为司马，跟随曹操到扬州募兵。曹操建立势力后，派夏侯惇屯白马，不久又升折冲校尉，领东郡太守。
兴平元年（194年），曹操征陶谦，留夏侯惇守濮阳。可是张邈、陈宫叛迎吕布，曹操的家眷都在鄄城，夏侯惇率军队轻装前往救援，正好与吕布的军队相遇，双方交战。吕布军退回，于是吕布趁机进入濮阳，突袭获得夏侯惇军队的军用物资。
吕布又派将领假装投降，趁机和夏侯惇的部下一起劫持夏侯惇，向他索要珍贵的物资，夏侯惇的士兵非常震惊惶恐。夏侯惇的部将韩浩于是指挥军队驻扎在夏侯惇军营门外，命令士兵诸将按兵不动，各个军营才安定下来。并声称按照国法将不考虑人质的安全，做出了要出兵攻击劫持人质者的姿态。劫持人质者害怕，于是放弃人质投降。曹操听说这件事后，将攻击劫质者不用顾忌人质定为法令，于是以后就没再发生劫持人质事件。
夏侯惇与荀彧、程昱力保三城，反攻吕布时却被流矢射伤左目，败北而回，从此被人称为“盲夏侯”。但夏侯惇极重外表，每每照镜看到自己盲了眼都会十分愤恨，将镜子推往地上，不喜欢被人叫自己“盲夏侯”。后又复领陈留、济阴太守、任建武将军、封高安乡侯。
当时大旱，蝗灾，夏侯惇截断了太寿水，形成了一个池塘，亲自担土，率领士兵种稻耕田，避过了缺粮的危险，百姓皆受益。
建安元年（196年），曹操迎接汉献帝到许县，夏侯惇转任河南尹。
建安三年（198年），吕布派遣中郎将高顺和北地太守张辽进攻刘备。夏侯惇受命援救刘备，但被高顺等人击败。沛城最终被攻破，刘备妻子再次被掳，刘备单身逃走。
建安七年（202年），刘表派刘备向北进攻，到达叶县。夏侯惇受命前去抵挡，双方于博望坡对峙，刘备火烧自营退却，夏侯惇不听李典所劝，与于禁追击刘备，留李典守后。最后，夏侯惇被刘备伏兵所败，幸而李典来救，刘备才撤退。
建安九年（204年），邺城破后，受任为伏波将军，受权能简单从事，不用拘于制度。与田畴为好友，曾帮曹操劝田畴再次投靠，但不成功。
建安十一年（206年），卫固在河东反叛，与张晟、张琰及高干等合兵一处，曹操派夏侯惇前去征剿，又派张既去关中征调马腾等将领，都归钟繇节制，钟繇出兵进攻张晟等，大获全胜，斩杀卫固、张琰等人，赦免了其余的党羽。
建安十二年（207年），因前后功劳增封邑一千八百户，与以前所赐的加上有二千五百户之高。
建安二十年（215年），参加了讨伐汉中张鲁的战事。
建安二十一年（216年），曹操征孙权归还，命夏侯惇督二十六军，与曹仁、张辽等人屯兵居巢，防卫孙权，并赐予能歌善舞的乐伎艺伎，下令道：“魏绛凭着与戎修好的功劳尚且能够享受钟磬之乐，何况将军呢！”
建安二十四年（219年），曹操到摩陂，召夏侯惇同车，不经通传，自由进入曹操的卧室。后受拜前将军，督各军还寿春，徙屯召陵。
据《曹瞒传》及《世语》记载，桓阶劝曹操称帝，夏侯惇认为应先灭蜀，蜀地平定了则江东自会归服，二方既定，然后遵循舜、禹的道路，登基称帝，曹操听从这个意见。
建安二十五年（220年），曹操病故，曹丕登位，于二月已卯日拜夏侯惇为大将军，但在四月庚午日夏侯惇便去世，曹丕穿上素服到邺城东城门发丧，赐夏侯惇谥号为忠侯，夏侯家也获得优厚待遇。
青龙元年（233年）五月壬申日，夏侯惇与曹仁、程昱因功而受到曹叡在曹操庙庭祭祀的礼遇。
